Kryptosporidium vaivaa Ruotsissa (SMI)

2. Uutinen GP 27.11.2010 Östersundissa 5-15 5 kuntalaisista saanut kryptosporidiumin juomavedestä, joka pitäisi toistaiseksi keittää kunnes vesi kirkastuu.

• Tusentals tros vara magsjukesmittade

Flera tusen personer i Östersund befaras vara smittade av parasiten Cryptosporidium, som orsakar svår magsjuka. -Vi tror att mellan 5 och 15 procent av befolkningen är smittade, säger smittskyddsläkare Micael Widerström till Sveriges Radio Jämtland. Det skulle innebära att 3 000-9 000 är drabbade. Det kommunala dricksvattnet är en misstänkt smittkälla. Kommunen tar en vattenanalys i dag och alla uppmanas att koka vattnet tills den är klar.

1. Uutinen 30.10.2010

Stort utbrott av magsjuka på grund av parasiten Cryptosporidium

LÄHDE: SMI.se

Cryptosporidium oocystor Foto: Marianne Lebbad, Smittskyddsinstitutet Cryptosporidiuminfektion är en zoonos, d.v.s. en sjukdom som kan överföras mellan djur och människa. Det är framför allt unga djur, som kalvar och lamm, som drabbas av sjukdom. Hos människan ger infektionen upphov till framför allt diarré.

Sjukdomen finns över hela världen. Mikroorganismen identifierades första gången hos människa år 1976, och det första kända utbrottet rapporterades 1984.

• Orsakande mikroorganism, smittvägar och smittspridning

Cryptosporidium är ett s.k. urdjur, protozo, d.v.s. ett litet encelligt djur. Det finns hos många olika djurslag över hela världen, t.ex. nötboskap och får. Cryptosporidium måste ha en värd (djur eller människa) att föröka sig i. Ingen förökning sker fritt i miljön. Människa, nötboskap (särskilt kalvar), lamm och andra djur kan vara reservoar. Smittämnet utsöndras (i s.k. oocystform) med avföringen och smitta sker framför allt via fekalt förorenat vatten eller via födoämnen. Smitta från person till person genom direkt och/eller indirekt kontakt kan också förekomma.

Infektionsdosen, d.v.s. den minsta mängd av smittämnet som behövs för att få infektionen, är liten. Inkubationstiden är inte säkert känd men är troligen cirka sju dygn (två till tolv dygn har angetts).

• Symtom, komplikationer, behandling och diagnostik

Sjukdomsbilden karaktäriseras av vattniga diarréer, buksmärtor, illamående, huvudvärk och feber. Kräkningar är mindre vanliga, framför allt hos vuxna. En del smittade får inga symtom alls. Komplikationer är ovanliga men om patienten är immunsupprimerad (som vid aids) kan diarrén vara livshotande. Behandlingen är symtomatisk och består av vätskeersättning vid behov.

Diagnosen ställs genom att oocystor påvisas i avföringen i mikroskop. Oocystorna är små, endast fyra till sex µm.

• Allmänt förebyggande åtgärder

God hand-, vatten- och livsmedelshygien förebygger smitta. Cryptosporidium är, liksom flera andra protozoer, mycket motståndskraftiga mot klorering. Något vaccin finns ej.

• Åtgärder vid inträffade fall och/eller utbrott

Infektion med Cryptosporidium är enligt smittskyddslagen en anmälningspliktig sjukdom, och inträffade fall anmäls till smittskyddsläkaren i landstinget och till Smittskyddsinstitutet (SMI). Misstänkta inhemska vattenburna utbrott skall meddelas till miljökontoret eller motsvarande i kommunen. Infektion med Cryptosporidium är en smittspårningspliktig sjukdom. Den sjuke behöver inte isoleras, men en god personlig hygien är angelägen.

• Kommentarer

Trots att cryptosporidiuminfektion är vanligt förekommande vid vattenburna utbrott i många länder verkar Norden vara ett undantag.

• Ett enda dricksvattenburet utbrott är känt från Sverige. Avloppspåverkat vatten från en å hade tryckts in i det kommunala nätet. Utbrottet orsakades av flera olika sjukdomsagens förutom Cryptosporidium även Giardia och Campylobakter.
• I Milwaukee i USA insjuknade år 1993 cirka 400 000 personer. Av dessa lades 4 400 in på sjukhus, och 100 personer avled. Smittspridningen hade skett via det kommunala vattnet. Vissa brister kunde konstateras i vattenhanteringen, men anläggningen var ändå godkänd utifrån amerikanska normer.
• Två bassängbadsassocierade vattenburna utbrott inträffade i Sverige den varma sommaren 2002. Det största av dem drabbade en kommunal utomhusbassäng med cirka 1 000 besökare per dag. Cirka 1 000 personer insjuknade vidare se under badvatten.
• Utbrott med Cryprosporidium på förskolor har även rapporterats under senare år.
• Efter en festmiddag insjuknade 21 personer varav 16 diagnostiserades med Cryptosporidium den troliga smittkällan var importerad färsk persilja.
• Vid ett annat utbrott misstänktes rucollasallad som orsaken till att minst 18 personer insjuknade med cryptosporidiuminfektion.

Haitin tappajatauti, koleraako? (2010)

BBC tells today:

21 October 2010 Last updated at 17:53 GMT

Haiti doctors investigate outbreak of deadly disease

Officials are investigating an outbreak of diarrhoea in Haiti.

Reports say about 50 people have died after suffering acute fever, vomiting and diarrhoea. Many more with similar symptoms have been admitted to hospitals north of the capital.
50 on jo kuollut äkkikuumeeseen, oksenteluun ja ripuliin ja monia on samoissa oireissa joutunut sairaalaan.

A senior UN health official told the BBC it was not clear what caused the outbreak. Test results are due later.
YK:n terveysviranomainen kertoi BBC:lle että ei olla selvillä siitä, mikä on taudin purkauksen syy. Testivastauksia odotellaan.

The country is still suffering the aftermath of January's quake which killed some 250,000 people.
Maa kärsii vielä muutenkin vuoden alun järistyksen jälkivaikutuksista. Silloin kuoli 250 000.

It also left 1.5 million homeless.
Järistyksen jäljiltä on 1.5 miljoonaa koditonta.

An unnamed Haitian health official told AFP news agency the outbreak was cholera but the report could not be confirmed. The government was expected to make an announcement on the outbreak later on Thursday.
Joku virkailija oli kertonut, että kyse on kolerasta, mutta tätä tietoa ei voitu vahvistaa. Odotellaan tänään myöhemmin varmistusta diagnoosista.

'No data'

Purkaus keskittyy Haitin pohjoisosiin. Noin 300 henkilöä on oireissa sillä alueella.

Jessica Du Plessis, from the UN's humanitarian affairs agency, said the outbreak was centralised on the northern half of Haiti. She told the BBC there were about 300 people showing symptoms in a few hospitals and clinics in that area.
Many of the ill have been taken to a hospital in the town of Saint-Marc, about 100km (60 miles) north of Port-au-Prince, medical officials said.The Pan American Health Organization (Paho) has sent two teams to the south of the Artibonite department, near Saint-Marc, a doctor with Paho told the BBC.
Little is known of the outbreak beyond "a high incidence of diarrhoea", said Dr Michel Thieren of Paho."Nothing can be verified at the moment. We have no numbers, no epidemiological data," he said.The symptoms could be associated with a number of underlying diseases, he added.
There were fears of a cholera outbreak in the aftermath of the earthquake with many survivors forced into makeshift camps with unsanitary conditions and little access to clean drinking water, but there were no outbreaks, the World Health Organization says.
Järistyksen päivinä pelättiin koleraa, mutta sitä ei puhjennut silloin.
The Artibonite department was not badly damaged in the earthquake but a number of people who lost their homes took shelter there and many have not left.

• Cholera is spread through people consuming water or food contaminated with cholera bacteria.
• KOLERA LEVIÄÄ, JOS SYÖDÄÄN SAASTUNUTTA RUOKAA TAI JUOMAVESI ON KONTAMINOITUNUT KOLERABAKTEERILLA.

• The source of contamination is usually the faeces of infected people.
•  TAVALLISIMMIN ON IHMISULOSTETTA JOUTUNUT SILLOIN ELINTARVIKKEISIIN, JUOMAVETEEN.

• It causes diarrhoea and vomiting leading to dehydration and can kill quickly if left untreated.
•  AIHEUTUU RIPULIA JA OKSENTELUA, JOTKA JOHTAVAT KEHON KUIVUMISEEEN JA TÄMÄ DEHYDRAATIO TAPPAA NOPEASTI POTILAAN.

• It is easily treated though rehydration and antibiotics, however.
•  KUITENKIN NOPEAT HOITOTOIMET KUTEN REHYDRAATIO, NESTEHOIDON ANTAMINEN JA ANTIBIOOTIT AUTTAVAT TEHOKKAASTI.

Jos tämä nyt olisi tuota koleraa, siihen autaa vain hyvin nopeasti aloitettu nestehoito, muuten ihmiset menehtyvät äkisti sillä he voivat menettää kymmeniä litroja kehon nesteitä pienessä ajassa tuosta vibriosta.Mutta siis nyt ei tiedetä vielä varmaa diagnoosia. Oli kolera tai ei, joka tapauksessa suonensisäinen nestehoito näyttää olevan tarpeen hoidossa ja ilmeisestijuomavesitilanteen ja sanitaaristen tilojen tarkistus seudulla.

Lisätietoja kolerasta ruotsiksi:
http://www.smittskyddsinstitutet.se/sjukdomar/kolera/

MALARIA uutisia 2010 (WHO)

http://www.bbc.co.uk/news/10520289
Globaali tappaja_ malaria
Intiassa kuolee paljon enemmän ihmisiä malariaan, mitä WHO on ilmoittanut.
http://www.bbc.co.uk/news/health-11588212

Malaria parasiitin elinsykli:sporozoiitti, merozoiitti, trofozoiitti, skitsontti

• These parasites are protozoa of the Apicomplexan phylum.

Tämä parasiittilaji kuuluu APICOMPLEXAN PHYLUM- ryhmään.

• They are haploid organisms during most of their life cycle, only becoming diploid briefly in the gut of the mosquito before undergoing meiosis.

Ne esiintyvät HAPLOIDISSA muodossaan suurimman osan syklistään ja ne tulevat DIPLOIDIKSI vain lyhyeksi ajaksi hyttysen suolistossa juuri ennen kuin käyvät läpi MEIOOSIN. ( Malariaplasmodilla on 14 kromosomia).

• Therefore, within each host, the propagation of the parasite is accomplished through asexualmultiplication.

Tämän takia jokaisessa isäntäyksilössä parasiitin lisääntyminen täydentyy aseksuaalisten multiplikaatioitten ( monistumisten) kautta.

• Briefly, from the perspective of humans, the cycle “starts” when an infected mosquito bites a human and injects, from its salivary glands, sporozoites into the skin.

IHMISEN KANNALTA malarialoisen elinkierto alkaa, kun infektoitunut moskiitto puree ja injisoi sylkirauhasistaan SPOROZOIITTEJA ihoon.

• These sporozoites then migrate to blood capillaries in order to reach the liver, where they invade hepatocytes.

Nämä SPOROZOIITIT migroituvat hiussuoniin, jotta ne pääsisivät maksaan, jossa ne invasoituvat hepatosyytteihin.

• The parasites differentiate and undergo a first asexual multiplication stage during approximately 14 days, resulting in tens of thousands of merozoites that burst from the infected hepatocytes.

Sitten loinen alkaa differentioitua ja käy läpi ensimmäisen aseksuaalisen multiplikaatiovaiheensa noin 14 päivän aikana, mikä johtaa kymmenien tuhansien MEROZOIITTIEN muodostumiseen, joita purkautuu infektoituneista hepatosyyteistä (maksasoluista)

• Released into the blood flow, these merozoites initiate the erythrocytic cycle of asexual multiplication.

Verenkiertoon vapautuneina nämä MEROZOIITIT aloittavat aseksuaalisen multiplikaationsa punasoluvaiheen.

• This cycle starts with the invasion of red blood cells (RBC) and lasts approximately 48 hours.

Tämä syklin alkaa silloin kun merozoiitti invasoituu punasoluihin ja sitä kestää lähes 48 tuntia.

• Once the parasite has penetrated the RBC, it matures from ring stage trophozoite to mature trophozoite, during which it grows and prepares for chromosome replication.

Kun loinen on päässyt läpi punasoluun, se alkaa kypsyä rengasmuotoisesta TROFOZOIITISTA kypsäksi TROFOZOIITIKSI ja sinä aikana se kasvaa ja alkaa valmistautua kromosomistonsa replikaatioon. 

 

• The transition from trophozoite to schizont is marked by the first mitosis and schizogony continues until the last mitosis.

---

Siirtymä TROFOZOIITISTA SKITSONTTIIN tapahtuu ensimmäisessä mitoosissa ja SKITSOGONIA jatkuu viimeiseen mitoosiin asti.

• Merogony is the assembly of nuclei and organelles into the merozoites.

MEROGONIA on tumien ja organellien kokoontumista MEROZOIITEIKSI.

• This late stage can then burst, releasing 8 to 26 new merozoites.

Tämä myöhäinen vaihe voi sitten purkautua ja siitä vapautuu 8- 26 uutta MEROZOIITTIA.

• Parasite numbers increase exponentially in the blood stream of infected individuals until either the hosts immune system or chemotherapy controls its progress, or until the human host dies.

Parasiitin lukumäärä lisääntyy exponentiaalisesti infektoituneen ihmisen verivirrassa joko siihen asti, että ihmisen immuunijärjestelmä tai kemoterapia kontrolloi loisen progression tai että ihminen kuolee.

• Some parasites may take an alternative developmental pathway, transitioning from trophozoites into gametocytes (instead of schizonts), male and female sexual forms, that may then be taken up by a feeding mosquito.

Jotkut loisista voivat valita alternatiivisen kehitystien ja muuttuvat TROFOZOIITISTA GAMETOSYYTEIKSI eikä SKITSONTEIKSI. Gametosyyttejä on maskuliininen ja feminiininen seksuaalinen muoto, joita sitten voi joutua veriateriassa hyttyseen( jolloin hyttynen muuttuu malariahyttyseksi).

• Within the mosquito gut, female and male gametocytes transform into one macro- and eight microgametes, respectively.

Hyttysen suolessa feminiininen ja maskuliininen GAMETOSYYTTI muuntuu MAKROGAMEETIKSI ja MIKROGAMEETIKSI.

• One microgamete and one macrogamete can then fuse, mature and complete meiosis, to form a motile ookinetes that migrate through the cells of the stomach wall.

Yksi MIKROGAMEETTI ja yksi MAKROGAMEETTI voivat sitten tehdä fuusion, kypsyä ja suorittaa täydellisen meioosin ja muodostaa liikkumiskykyisiä OOKINEETTEJÄ, joita migroituu hyttysen mahan seinämän solujen läpi.

• Once this barrier crossed it encysts, creating a wart-like structure known as the oocyst.

Kun tämä välieste on läpäisty muodostuu kuin syylämäinen uloke seinämästä ja tämä on OOCYSTA.

• For the third iteration in the parasites life cycle, it proceeds to asexual multiplication resulting in the liberation of thousands of sporozoites that migrate to the mosquitos salivary glands.

Sitten parasiitin elinsyklissä seuraa asexuaalinen multiplikaatio (monistuminen), mikä johtaa tuhansien SPOROZOIITTIEN vapautumiseen ja niitä migroituu hyttysen sylkirauhasiin.

• Thus, the Plasmodium falciparum life cycle is completed... and starts over again, when the mosquito bites another human.

Näin sitten Plasmodium falciparum on tehnyt täyden syklinsä ja nyt alkaa loisen kierto uudestaan seuraavassa itikan pistossa uudessa ( ehkä aiemmin terveessä) ihmisessä.

...

Ihminen joka kantaa veressään loista (human malaria carrier) on taas uusien terveitten hyttysten ottamien veriaterioitten jälkeen uusien malariamoskiittojen kehittäjä.

Tämä teksti on suomennosta Nicolas Joanninin väitöskirjan tausta-tekstistä: 

Antigenic variation in P.Falciparum: understanding the rifin protein family(Stockholm 2010)

Malarialoisen var-geenituote PfEMP1. Rokoteperusta? ( Vuosi 2010 )

LÄHDE: PLoS Comput Biol. 2010 Sep 16;6(9). pii: e1000933. 

 Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 diversity in seven genomes--divide and conquer. Rask TS, Hansen DA, Theander TG, Gorm Pedersen A, Lavstsen T. Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, Lyngby, Denmark.

Abstract (sitaatti)

• The var gene encoded hyper-variable Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) family mediates cytoadhesion of infected erythrocytes to human endothelium.

http://www.impact-malaria.com/iml/cx/medias/2E33263A-E2D7-46F5-BB53-55C436F7E957.gif
PfEMP-1-niminen malariaplasmodin punasolun kalvoon aiheuttama proteiini välittää sytoadheesiota, jolloin infektoituneet punasolut takertuvat ihmisen verisuonten endoteeliin, sisäpintaan. Tätä proteiinia koodaa var- geeni, mikä takaa proteiinin hypermuuntuvaisuuden.

• Antibodies blocking cytoadhesion are important mediators of malaria immunity acquired by endemic populations.

Siellä missä malaria on väestössä endeeminen tauti, on malariaimmuniteettia muodostavana seikkana juuri ne vasta-aineet, jotka pystyvät blokeeraamaan tuon yllämainitun sytoadheesion, takertuvaisuuden.

• The development of a PfEMP1 based vaccine mimicking natural acquired immunity depends on a thorough understanding of the evolved PfEMP1 diversity, balancing antigenic variation against conserved receptor binding affinities.

On kehitelty rokotetta joka perustuu tuohon PfEMP1 proteiiniin ja rokote matkii luonnollisesti hankittua immuniteettia. Tässä tarvitaan läpikotaisin hyvää ymmärtämystä hankitusta PfEMP1 diversiteetistä, joka tekee tasapainoa antigeenin muuntelun ja konservatiivisen reseptoriin kiinnittymisaffiniteetin kesken.

• This study redefines and reclassifies the domains of PfEMP1 from seven genomes. Analysis of domains in 399 different PfEMP1 sequences allowed identification of several novel domain classes, and a high degree of PfEMP1 domain compositional order, including conserved domain cassettes not always associated with the established group A-E division of PfEMP1.

Tässä tutkimustyössä määritellään ja luokitellaan PfEMP1 domaanit seitsemästä malariaplasmodi-genomista. 399 eri PfMP1 sekvenssin analyysistä saadaan tunnistettua useita uusia domaaniluokkia.

Se hela bilden 768 × 1024 - 125k - gif - sites.huji.ac.il/malaria/maps/PfEMP1new.gif

• A novel iterative homology block (HB) detection method was applied, allowing identification of 628 conserved minimal PfEMP1 building blocks, describing on average 83% of a PfEMP1 sequence. Using the HBs, similarities between domain classes were determined, and Duffy binding-like (DBL) domain subclasses were found in many cases to be hybrids of major domain classes.

-Identifioitiin 628 konservoitua minimaalista PfEMP1 rakenneblokkia, jotka ovat noin 83% PFEMP1 sekvenssistä-domaaniluokkien välisiä samanlaisuuksia identifioitiin. DBL domaanin alaluokat todettiin monessa tapauksessa päädomaaniluokkien hybrideiksi

• Related to this, a recombination hotspot was uncovered between DBL subdomains S2 and S3. The VarDom server is introduced, from which information on domain classes and homology blocks can be retrieved, and new sequences can be classified.

• Several conserved sequence elements were found, including: (1) residues conserved in all DBL domains predicted to interact and hold together the three DBL subdomains, (2) potential integrin binding sites in DBLα domains, (3) an acylation motif conserved in group A var genes suggesting N-terminal N-myristoylation, (4) PfEMP1 inter-domain regions proposed to be elastic disordered structures, and (5) several conserved predicted phosphorylation sites.

• Ideally, this comprehensive categorization of PfEMP1 will provide a platform for future studies on var/PfEMP1 expression and function.

PMID: 20862303 [PubMed - in process]PMCID: PMC2940729Free PMC Article

Malariarokoteen konstruointi

Malaria vaccine - Wikipedia, the free encyclopedia

( Otan suomennettavaksi osia tästä myöhemmin) 3.10.2010

Malaria vaccines are an area of intensive research, however, there is no effective vaccine that has been introduced into clinical practice. ...
en.wikipedia.org/wiki/Malaria_vaccine

Wikipedia katsoo asiaa niin laajalla skaalalla kuin se onkin, loisella on palapelimäinen ilmenemien, jonka joka vaihe tulee tarkata, jos jostain löytyisi jotain konkreettista rokotuskohdetta ati muuta strategiaa.

Perustavaa tietoa malarialoisesta (1999). Genomi, variabiliteettia tuottavat geenituotteet

LÄHDE: Mats Wahlgren¹; Maria Teresa Bejarano¹ Malaria A blueprint of 'bad air' Nature 400, 506-507 (5 August 1999) | doi:10.1038/22880

 

• The 'bad air' agent — mal aria in Italian — was fancied to be the cause of malaria far into the nineteenth century. At that time, Ross and Grassi discovered that mosquitoes transmit these microscopic protozoa. Just as this discovery was a big leap then, the next step today is to discern the parasite's blueprint; the genomic sequence of Plasmodium falciparum. Four hundred million people still suffer from malaria worldwide, and a million children die each year in Africa alone. There is no vaccine, anti-malarial drugs are failing, and many sufferers also develop tumours (such as Burkitt's lymphoma).

Mal aria, paha ilma-käsitettiin malarian syyksi 19. vuosisadalle asti. Sitten Ross et Grassi keksivät, että hyttyset välittivät mikroskooppista loista. Nyt oli tärkeää saada genomi selville Plasmodium falciparumista. 400.000.000 ihmistä kärsii malariasta kautta maailmanja yksistään Afrikassa 1 000.000 lasta kuolee siihen joka vuosi. ROKOTETTA EI OLE. Anti-malarialääkkeet epäonnistuvat ja moni malariaan sairastunut saa myös kasvannaisia, ns. Burkittin lymfooman.

• On page 532of this issue, Bowman et al.¹ unveil the entire sequence of the P. falciparum chromosome 3. These authors have sequenced and analysed a million bases, which, along with the previously sequenced² chromosome 2, now gives us 7% of the total P. falciparum genome (roughly 30 mega base-pairs, Mb). This complex genome comprises 14 chromosomes, each equivalent in size to a complete bacterial genome (0.65 to 3.4 Mb), as well as mitochondrial- and plastid-like sequences. Some 215 protein-coding genes are found on chromosome 3, compared with 209 on chromosome 2, giving an estimated 6,500 genes in the whole genome.

Bowman et al. ovat selvittäneet P. falciparumin kolmannen (3) kromosomi. He selvittivat sen sekvenssin ja analysoivat miljoona emästä, jotka yhdessä aiemmin selvitetyn toisen (2)kromosomin kanssa antaa tietoa 7% :sta P. falciparum-loisen genomia ( 30 mega bp, Mb). Tämä monimutkainen genomi käsittää 14 kromosomia, joista jokainen on kooltaan kuin täydellinen bakteerigenomi ( 0.65- 3.4 Mb) tai mitokondriaaliset ja plastidin kaltaiset sekvenssit. Malaria-loisen 3. kromosomissa on 215 proteiinia koodaavaa geeniä. Sen 2. kromosomissa on 209 tällaista geeniä, ja koko genomi käsittää arviolta 6500 geeniä.

• Perplexing though the P. falciparum genome may seem, a certain organization has been found. Clusters of genes encoding proteins produced at similar stages in the parasite's life cycle, or proteins with similar functions, seem to be grouped in particular chromosomes or chromosomal locations. For example, in chromosome 2 there are many genes encoding proteins with high levels of the amino acid serine, and also genes encoding structures found on the surface of the parasite (merozoites)².

Vaikka P. falciparum- genomi vaikuttaa sekavalta, niin jotain tiettyä järjestäytymistä siinä vaikuttaa olevan havaittavissa. Näyttää olevan samanlaista ryvästynyttä sijoittumista erityisiin kromosomeihin tai kromosomikohtiin silloin, kun geeniryväkset koodaavat parasiitin elinsyklin saman vaiheen proteiinituotteita tai proteiineilla on samanlaista funktiota. Esimerkiksi 2. kromosomissa on geenejä, jotka koodaavat proteiineja, joissa on paljon seriiniaminohappoa(S). Siinä on myös geenejä, jotka koodaavat parasiitin ( merozoiittien) pintastruktuureja.

• Another example of gene clustering is the sexual-stage-specific genes, which are localized to chromosome 5 in a related malaria parasite. And a sequence that may be involved in separating a chromosome from its sister copy during cell division has been identified at roughly the centre of chromosomes 2 and 3. Known as the centromere, it consists of 2 kb of repeated adenine-thymine-rich sequences. However, the core of the P. falciparum centromere is shorter than those in other eukaryotes, and it remains to be shown whether it functions as a centromere. Such comparative analyses of chromosomes, particularly between different malarial parasites (all of which have 14 chromosomes)³, should help in understanding genome structure and evolution.

Eräs toinen esimerkki geenien ryvästymisestä on 5. kromosomi , johon on sijoittunut malarialoisen seksuaalisen jakson geenit. Se sekvenssi, joka saattaa olla toiminnassa osallisena erottamassa solunjakaantumisen aikana sisarkromatideja toisistaan, on suurin piirtein keskuskohtana kromosomeissa 2 ja 3. Se tunnetaan sentromeerinä ja siinä on 2 kb toistuvaa A-T-pitoista jaksoa. Kuitenkin P. falciparum sentromeeri on lyhempi kuin muissa eukaryosyyteissä. Osoittamatta vielä on sekin, jos se toimii kuin sentromeeri. Tällaiset analysoivat kromosomivertailut erityisesti eri malarialajien kesken voisivat auttaa ymmärtämään sen genomista rakennetta ja evoluutiota. Kaikissa niissä on 14 kromosomia.

• The malaria parasite develops inside red blood cells, where it is protected from most mechanisms of the immune system. But the parasite exports some of its own polypeptides to the surface of the red blood cell (Fig. 1), and here it is open to immune attack. To fool the immune system, it regularly exchanges these polypeptides ('antigenic variation')⁴.

Malariaparasiitti kehittyy punasolun sisällä ja sellaisessa sijainnissaan se on suojassa kaikilta immuunijärjestelmän hyökkäyskeinoilta. Mutta loinen tuottaa eräitä omia polypeptidejä punasolun pintaan ja silloin se on altistunut immuunihyökkäykselle. Mutta hämätäkseen immuunijärjestelmää loinen säännön mukaan vaihtelee näitä polypeptidejään ( = antigeenin variaatio)

• The polypeptides are encoded by members of the var (variable) and rif (repeated-interspersed family) gene families, which are found close to the ends (telomeres) of both chromosomes 2 and 3 — each telomere is flanked by one var gene and several members of the rif family.

Polypeptideitä koodaa var- ja rif-geeniperheet, joita sijaitsee 2. ja 3. kromosomien päätyjen (telomeerien) lähellä. Joka telomeerissä on vierekkäin var- geeni ja useita rif- perheen geenejä. var tarkoittaa variable ( vaihteleva) ja rif tarkoittaa repeated -intersperset family, toistuva väleihin sirottautunut perhe.

• So far, nine rif genes (including two members of the stevor sub-family) have been identified in the sub-telomeric regions of chromosome 3, and 17 members (including four stevors) have been found in the same regions of chromosome 2. This gives an estimated 200 rif genes per genome, making it the largest gene family in P. falciparum. Bowman and colleagues' results¹ make the picture even more complicated, as they have discovered more gene families — the clag (cytoadherence-linked asexual gene) and CTP (conserved telomeric protein) families, for example — in the sub-telomeric region of chromosome 3.

Toistaiseksi (1999) tunnetaan yhdeksän rif- geeniä, joihin sisältyy kaksi stevor- alaperheen jäsentä. Nämä sijaitsevat 3. kromosomin sub-telomeerisessä alueessa. 2. kromosomista tunnetaan 17 rif- jäsentä, joista neljä on stevor -alaperheestä. Joten on arviolta 200 rif- geeniä yhdessä genomissa. Tämä onkin P. falciparumin kaikkein suurin geeniperhe. Bowman et al. havaitsivat muitakin geeniperheitä kuten clag-perheen (cytoadherence linked asexual gene) ja CTP-perheen ( konservoitunut telomeeriproteiini) esimerkiksi 3. kromosomin subtelomeerisessa alueessa.

 Figure 1: Red blood cell infected with Plasmodiumfalciparum.

• Antigens expressed at the surface of the blood cell are shown (bottom), as well as the end of chromosome 3 (top), where Bowman et al.¹ have identified the genes that encode these proteins. The antigens are highly variable, particularly those encoded by members of the var and rif gene families (PfEMP1 and rifin, respectively). There are roughly 50 var genes, although only one is expressed at a time^11,12. By contrast, several of the 200 or so rif gene products may be present on the surface of the same red blood cell. The clag gene family is smaller, and it is not yet clear whether the proteins encoded by these genes are expressed at the surface of the red blood cell⁷. However, parasites that lack the clag gene on chromosome 9 adhere poorly to host cells¹⁰. (Yellow boxes depict genes encoding proteins of unknown function.) High resolution image and legend (30K)

KUVA; Kuvassa on malarialoisella infektoitunut punasolun. Antigeenejä näkyy verisolun alapinnalla sekä loisen 3. kromosomin päädyssä. Tämä näkyy kuvan yläosassa. Bowman et al ovat identifioineet geenit, jotka koodaavat näitä proteiineja. Antigeenit ovat mitä vaihtelevaisempia., erityisesti ne, jotka koodautuvat var ja rif- geeniperheitten jäsenillä (PfEMP1 ja rifin vastaavasti) . On noin 50 var- geeniä, vaikka niistä ilmenee vain yksi kerrallaan. Mutta päinvastoin useita niistä 200 rif- geenituotteesta voi esiintyä saman punasolun pinnalla. Clag- geeniperhe on pienempi eikä vielä ollut tiedossa( 1999), jos näiden geenien koodaamia proteiineja esiintyi punasolun pinnalla. Mutta joka tapauksessa ne loiset, joista puuttui 9. kromosomin clag- geeni, kiinnittyivät huonosti isäntäsoluihin. Kuvan keltaisen kohdan geeneillä oli tuntematon proteiininkoodaustehtävä (1999).

• Because several gene families are located close to each other, it is tempting to speculate that they are also co-expressed and co-regulated. The presence, in human sera, of antibodies that recognize the surface of an infected red blood cell has been shown⁵,⁶ to correlate with protection from malaria. Indeed, one polypeptide, PfEMP1 (P. falciparum erythrocyte membrane protein-1), is encoded by the var genes and is thought to be involved in antigenic variation. But the discovery of rif-gene products, rifins⁷,⁸ and stevors⁹, and the reactivity of rifins with human sera⁷, suggests that other molecules may also be involved. The rifins may, in fact, be a major source of antigenic variation at the surface of the red blood cell. Several rifins are sometimes expressed in the same red blood cell, and they also carry modifications that generate tiny variations between them⁷.

Koska usea malaria-loisen geeniperheistä sijaitsee lähellä toisiaan, olisi houkuttelevaa ajatella, että niillä olisi myös samanaikais-expressoitumista ja - säätymistä. Jos ihmisen seerumin vasta-aineet tunnistavat infektoituneen punasolun pinnan, asia korreloi malariaprotektiivisuuteen. Todellakin yksi polypeptidi (PfEMP1, Pf- punasolun kalvoproteiini-1) koodautuu var- geeneillä ja arvellaan sen osallistuvan antigeenivaihteluun. Mutta kun löydettiin rif- geenituotteet, RIFIINIT ja STEVORIT ja rifiinien reaktiivisuus ihmisen seerumin kanssa, arveltiin muillakin molekyyleillä olevan osuutta asiaan. Rifiinit saattavat todellakin olla eräs päälähde antigeenien muunteluun punasolun pinnassa. Toisinaan esiintyy useita rifiinejä samassa punasolussa ja ne myös tekevät modifikaatioita , mitkä kehkeyttävät niiden keskinäisiä variaatioita.

• The PfEMP-1 protein is an adhesive molecule that mediates binding of the parasite-infected red blood cell to endothelial cells and to other red blood cells. The polypeptides encoded by the newly discovered clag gene family seem to have an accessory function in binding¹⁰. The clag genes have an interesting structure, with many exons ('coding' fragments, present in mature RNA) and introns (removed fragments). This structure is similar to that of genes in higher eukaryotes, and, although it is believed to be uncommon in P. falciparum, the structure has been found in 2.3% of the genes identified so far¹. This could even be an underestimate, because the structure is difficult to predict. Bowman et al. do not know whether the clag gene products are expressed on the surface of red blood cells, but other data¹⁰ indicate that they are biologically important.

PfEMP-1-proteiini on adheesiomolekyyli, joka välittää loisen infektoiman punasolun sitoutumista endoteelisoluun ja muihin punasoluihin. Löydetyn clag-geenin koodaamat polypeptidit näyttävät olevan myös lisätekijöinä sitoutumisessa. Clag-geeneillä näyttää olevan mielenkiintoinen rakenne, useita exoneja ( koodausfragmentteja , joita esiintyy kypsässä RNA:ssa) ja introneita, irtofragmentteja. Tällainen rakenne on samanlainen, kuin korkeampien eukaryoottien geeneissä ja vaikka uskotaan tällaisen rakenteen olevan P. falciparumissa epätavallista, niin tähän asti identifioiduissa geeneissä sitä tavataan 2.3%:ssa. Ehkä tämä on aliarvio, koska rakennetta on vaikea edeltä ennustaa. Bowman et al. eivät tienneet, onko clag-geenituotteita punasolujen pinnalla, mutta toisista tiedoista päätellen ne ovat biologisesti tärkeitä.

• Now that we have part of the genome sequence to hand, it is imperative that we use it to identify new drug targets, to understand the pathogenesis of malaria, and to help in constructing vaccines. However, the P. falciparum genome is more complicated than 14 chromosomes — it is plastic, recombinations occur, and it is modified at fertilization in the mosquito's gut. The genome may thereby be expanded, depending on whether the parasite is endemic in the locations studied. For example, if the transmission rate is high, the var and rif gene repertoires are thought to be restructured by frequent fusions of different haploid genomes. The opposite might be true in pockets of more restricted transmission. Self-fertilization has been found to produce genetically distinct parasites as well. So although the sequences of the chromosomes are a great step forward in understanding the parasite and the disease, there is still much to be done. 'Bad air' is still bad news.

Nyt kun on saatu tuntuma genomisekvenssiin, on tätä tietoa käytettävä apuna uusien lääkekohteitten löytämiseen, malarian patogeneesin ymmärtämiseen ja uusien rokotteitten konstruoimiseen. P. falciparum.genomi on kuitenkin monimutkaisempi kuin vain 14 kromosomia, sillä se on plastinen, tekee rekombinaatioita ja modifioituu fertilisaatiossa hyttysen suolistossa. Genomi voi sen takia expansoitua riippuen siitä onko parasiitti endeeminen tutkitussa sijaintikohdassa. Päinvastoin voi tapahtua jossain leviämisen suhteen rajoitetussa miljöössä. Autofertilisaation on havaittu tuottavan myös geneettisesti selvästi erilaisia parasiitteja. Niin vaikka kromosomien sekvenssin selvittely onkin iso edistysaskel parasiitin ja taudin ymmärtämisessä, on vielä paljon tekemistä. Malaria on vieläkin huono uutinen.

Top of page

Artikkelissa mainitut lähteet. References

1. Bowman, S. et al. Nature 400, 532–538 (1999).
2. Gardner, M. J. et al. Science 282, 1126–1132 (1998).
3. Carlton, J. M. -R. , Galinksi, M. R. , Barnwell, J. W. & Dame, J. B. Mol. Biochem. Parasitol. 101, 22–32 (1999).
4. Wahlgren, M. , Fernandez, V. , Chen, Q. , Svärd, S. & Hagblom, P. Cell 96, 603–606 (1999).
5. Carlson, J. et al. Lancet 336, 1457–1460 (1990).
6. Bull, P. C. et al. Nature Med. 4, 358–360 (1998).
7. 7.Fernandez, V., Hommel, M., Chen, Q., Hagblom, P. & Wahlgren, M. J. Exp. Med. (in the press).
8. 8.Keyes, S., Rowe, A., Kriek, N. & Newbold, C. A. Proc. Natl Acad. Sci. USA (submitted).
9. Chen, Q. et al. Mol. Biochem. Parasitol. 97, 161–176 (1999).
10. 10.Holt, D. C. et al. Int. J. Parasitol. (in the press).
11. Chen, Q. et al. Nature 394, 392–395 (1998).
12. Scherf, A. et al. EMBO J. 17, 5418–5426 (1998).

Mats Wahlgren and Maria Teresa Bejarano are at the Microbiology and Tumour Biology Centre, Karolinska Institutet, and the Swedish Institute for Infectious Disease Control, Box 280, S-171 77 Stockholm, Sweden.

1. KOMMENTTI: Tämä tieto on vuoden 1999 huipputasoa malaria plasmodista.
   

Plasmodium- loinen, WHO tekstia 2010

WHO: Malaria   2010

• Malaria is caused by a parasite called Plasmodium, which is transmitted via the bites of infected mosquitoes. In the human body, the parasites multiply in the liver, and then infect red blood cells. 

Malariaa aiheuttaa loinen, parasiitti , plasmodium, jota välittää ihmiseen infektoituneen hyttysen pisto . Ihmisen kehossa parasiitit moninkertaistuvat ensin maksassa ja sitten infektoivat punaisia verisoluja.

• Symptoms of malaria include fever, headache, and vomiting, and usually appear between 10 and 15 days after the mosquito bite.

Malarian oireena on kuume, päänräsky ja oksentelu, jotka alkavat 10- 15 päivää hyttysen pistosta.

• If not treated, malaria can quickly become life-threatening by disrupting the blood supply to vital organs. In many parts of the world, the parasites have developed resistance to a number of malaria medicines.

Jos ei hoideta,niin malaria muodostuu nopeasti henkeä uhkaavaksi, koska se estää vitaalien elinten verensaantia. Monessa maailmanosassa loiset ovat kehittäneet resistenssiä (vastustuskykyä) monille malarialääkkeille.

• Key interventions to control malaria include: prompt and effective treatment with artemisinin-based combination therapies; use of insecticidal nets by people at risk; and indoor residual spraying with insecticide to control the vector mosquitoes.

Avainseikkoja malarian vastaisessa toiminnassa:
annetaan nopea ja tehokas artemisiini-pohjainen kombinaatiohoito;
riskissä olevien henkilöitten tulee käyttää hyönteisiä tappavaa suojaverkkoa,
huonetiloja pidetään vapaina vektorihyttysistä insektisidien avulla

Plasmodium falciparum RIFIN- proteiinit (Väitöskirja 2010 Joannin Nicolas)

Uusi väitöstyö tehty malariaplasmodista.
LÄHDE: Joannin, Nicolas.  Antigenic variation in Plasmodium falciparum : understanding the RIFIN protein family. 2010 Sth.
ISBN: 978-91-7457-075-05

Suomennosta (Abstract)

• RIFIN proteins are variable surface antigens, which have a central role in the survival and virulence of the malaria parasite Plasmodium falciparum.

RIFIN proteiinit ovat vaihtelevia pinta-antigeenejä, joilla on keskeinen osuus P. falciparum malariaplasmodin elossapysymisessä ja virulenssissa.

• Antigenic variation is a mean for these parasites to avoid clearance by the host’s immune system.

Antigeenin muutteleminen on näitten parasiittien keino välttää isäntäkehon immuunijärjestelmän taholta tapahtuva loisen poissiivoaminen.

• However, this is often a secondary function to the main role of these proteins.

Kuitenkin tämä on usein proteiinin toisarvoisempi tehtävä ja sillä on jokin päätehtävä olemassa.

• In the case of RIFIN, P. falciparum’s largest multicopy protein family, the main functions remain unknown.

Mutta RIFIINI- proteiinien tapauksessa tämä päätehtävä on vielä tuntematon. RIFIINI on P. falciparum - plasmodin isoin monikopioitu proteiiniperhe.

• In order to elucidate a protein’s function, it is crucial to understand its basic properties, including the structure of the protein family, their localization and the protein’s topology.

Jotta voi selvittää tämän proteiinin funktion, on kriittisen tärkeää ymmärtää sen perustavia ominaisuuksia kuten proteiiniperheen rakennetta, niitten asettautumista ja proteiinin topologiaa.

• Through different methods, we have strived to simplify the RIFIN protein family into manageable entities.

Eri metodeilla tutkijaryhmä on yksinkertaistanut RIFIINI-proteiiniperheen käsiteltäviin yksikköihin.

• We have started with a simple classification of RIFIN proteins into meaningful sub-groups.

Aluksi he luokittelevat RIFIINI-proteiinit käsitettäviin alaryhmiin.

• We have predicted that these sub-groups are functionally distinct, although they probably share a related function.

He tekivät oletuksen, että nämä alaryhmät olisivat funktionaalisesti erilaiset, vaikka ne mahdollisesti osallistuvat samantapaisiin funktioihin.

• We then designed RSPred, an automatic method, based on hidden Markov models and a sorting program, to detect and classify RIFIN and STEVOR sequences according to their sub-group.

Sitten he hahmottelivat metodin, jolla voitiin havaita ja luokitella RIFIINI ja STEVOR sekvenssejä alaryhmiinsä.

• Finally, using an in vitro method to determine protein topology, we have analyzed both A-RIFIN and B-RIFIN proteins for their number of transmembrane segments and their topologies.

Lopuksi analysoitiin sekä A-RIFIINI että B-RIFIINI proteiinien transmembraanisten jaksojen lukumäärä ja niitten topologia.

• We show that both protein groups have a signal sequence targeting them to lipid bilayers and only one transmembrane domain.

Tutkijat osoittivat, että molemmat proteiiniryhmät omasivat sellaisen signaalijakson, joka kohdisti niitä lipidikaksoiskerroksiin ja niissä oli vain yksi transmembraaninen domaani.

• They both share a common topology where the bulk of the protein is exposed to the extracellular environment.

Niissä molemmissa oli tavanomainen topologia, missä proteiinin massiivi osa altistuu solunulkoiselle miljöölle.

• With the current knowledge of RIFIN protein localizations, as well as the loss of expression of A-RIFIN but not B-RIFIN proteins in a splenectomized patient, it seems increasingly clear that B-RIFIN proteins are good targets for future studies, to decipher the functions of these variable proteins.

Nykytiedon mukaan näyttää yhä selvemmältä, että B-RIFIINI-proteiinit ovat hyvä tulevaisten tutkimusten kohde näiden eri proteiinien funktion ratkaisemisessa. Nyt tiedetään, missä RIFIINI-proteiinit sijaitsevat ja tiedetään, että pernanpoistopotilailla ei ole A-RIFIINI proteiinin ilmenemää, mutta heillä esiintyy B-RIFIINIÄ.

Figure 1: Red blood cell infected with Plasmodiumfalciparum.

Antigens expressed at the surface of the blood cell are shown (bottom), as well as the end of chromosome 3 (top), where Bowman et al.¹ have identified the genes that encode these proteins. The antigens are highly variable, particularly those encoded by members of the var and rif gene families (PfEMP1 and rifin, respectively). There are roughly 50 var genes, although only one is expressed at a time^11,12. By contrast, several of the 200 or so rif gene products may be present on the surface of the same red blood cell. The clag gene family is smaller, and it is not yet clear whether the proteins encoded by these genes are expressed at the surface of the red blood cell⁷. However, parasites that lack the clag gene on chromosome 9 adhere poorly to host cells¹⁰. (Yellow boxes depict genes encoding proteins of unknown function.)
High resolution image and legend (30K)

Legionella, Legionellaceae, Legionellales, Gamma proteobacteria

Tänään SMI.se kirjoittaa Legionellasta: Utbrott
Legionella i jord
Gefle Dagblad uppmärksammar två fall av legionella i länet. I det en misstänks komposten var orsaken och i det andra har personen planterat blommor. Det är känt sedan tidigare att jord kan vara en smittkälla, men det är svårt att säga hur stor den egentliga risken är.
Wikipedia (taxonomiatieto)

Domän:

Bakterier Bacteria

Stam:

Proteobacteria

Klass:

Gamma Proteobacteria

Ordning:

Legionellales

Familj:

Legionellaceae

Släkte:

Legionella

• Legionella (smi text)

Legionellabakterier finns allmänt i vatten och jord, och anses vara ganska ofarliga. För att bli sjuk måste man i regel andas in bakterien och samtidigt ha nedsatt immunförsvar.
Den allvarliga sjukdomen legionärssjuka orsakas främst av bakterien Legionella pneumophila, som växer till kraftigt i stillastående varmvatten i vattenledningar, klimatanläggningar, duschar och bubbelpooler. Smittan sprids genom att man andas in förorenat vatten i aerosolform. Att dricka vattnet är ofarligt.
Flera andra arter av legionellabakterien orsakar också sjukdom hos människan. 2009 hade nio av 83 patienter i Sverige med legionärssjuka smittats av legionella longbeachae, som framför allt hittas i jord.
För att minska risken för smitta ger hälsomyndigheten i Auckland, Nya Zeeland följande råd:

”Undvik att riva upp dammpartiklar, undvik att andas in damm, fukta jorden/komposten innan den används, använd andningsmask som täcker näsa och mun.”

Legionellainfektion är en smittspårningspliktig sjukdom.
Källa: Smittskyddsinstitutet

• Sitten on uutta tietoa seuraavasti smi kautta tulleessa päivän postissa. Pohditaan uutta tartuntatietä:

Legionellabakterien kan orsaka en allvarlig lunginflammation, legionärssjuka. Orsaken är oftast att bakterien legionella pneumophila vuxit till sig kraftigt i varmvatten som blivit stående i rören och att patienten sedan andats in små förorenade vattendroppar, till exempel när de duschat.
De senaste åren har dock en helt ny smittväg upptäckts: Vanlig planteringsjord och kompost.
Två fall om året har rapporterats i Gävleborgs län de senaste två åren.
I hela Sverige handlar det om åtta–nio fall om året, där patienterna smittats av legionella longbeachea, som de kan ha fått i sig via jord eller kompost.
– Det går inte att säga hur stor risk det är, men det har varit känt några år att legionella kan smitta från jord, säger Görel Attestam på Smittskyddsinstitutet.
– I Australien tar man så allvarligt på detta att man har varningsetiketter på jordpåsarna som säljs, men vi har inte den överblicken att vi kan gå ut och varna för jorden. Att man smittas av vatten är fortfarande mycket vanligare, säger hon.
Det är i Australien och Nya Zeeland som problemet med legionellabakterier i jord först uppmärksammades.

I en undersökning av planteringsjord 1990 innehöll 73 procent av säckarna legionella, de flesta av typen longbeachea.

De senaste åren har även myndigheter i Europa uppmärksammat faran.
I Skottland undersöktes tre fall 2008 och 2009. De tre patienterna hade planterat om växter i sina växthus eller i trädgården innan de blev sjuka och man hittade bakterier i den jord som hade använts.
I de fall i Gävleborg där man konstaterat att patienterna varit smittade med legionella longbeachea, har man däremot inte gått vidare och kontrollerat om planteringsjorden eller komposten innehållit samma bakterieart. Man har nöjt sig med patientens egna uppgifter om att de nyss planterat om blommor eller vänt komposten.
Det är när jorden är torr och dammar som det kan finnas risk för att man andas in partiklar, som är förorenade med legionellabakterier.
– I Nya Zeeland rekommenderar man att man fuktar jorden innan man använder den så att den inte dammar, säger Görel Attestam på Smittskyddsinstitutet.

Suomennan myöhemmin ylläolevaa sitaattia.

Oma mielipide. Olen alkanut katsoa karsaasti sisäkukkasia , koska niistä tuli aina enemmän nuhaa ja yskää. Kaikki kymmenet kukkani ja kasvini olen antanut pois ja nyt on vain kaksi vähämultaista lajia jäljellä. Mökille en osta uutta multaa säkeissä vaan koetan selvitä sillä turpeella tai kääntösavella, mitä omasta maasta saa. Käännän maata vain sateen aikana tai sateen jälkeen, niin ei pölise.